Bom... vamos começar por um princípio básico em banco de dados (também aplicável em outros aplicativos...
Não use o root para instalar, conectar ou dar manutenção em um banco de dados...
O usuário root do linux não é nada além de um usuário comum no banco de dados, restrito a limitações de um usuário comum, o usuário DBA default é o mysql ou outro designado para tal.
Você deve usar o usuário owner do aplicativo, deve criar um usuário no linux chamado mysql e este usuário deve instalar e dar manutenção no banco...
quando você conecta com um determinado usuário, por default ele só vai "enxergar" os objetos de sua propriedade, quando você importou essa tabela deve ter sido criada em outro usuário. Você deve se conectar como esse usuário para poder ver seu conteúdo, ou dar privilégios para que outro usuário o faça.
Outra coisa, você colocou que não acessa BDs, o que não é verdade, o que ele não acessa é determinada tabela dentro do BD... Uma exposição clara do problema ajuda a resolução do mesmo...
Tente usar o usuário mysql e veja o que acontece...
Perca o hábito de usar o usuário root para iniciar aplicativos ou administra-los, isso pode ser perigoso para toda a sua rede...
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Márcio de Souza Almeida
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Consultoria em Bancos de Dados Oracle, SQL Server e PostgreSQL