Cara existe uma recomendacao por parte do Handbook oficial a iniciar a instalação a partir do stage3, depois é possivel refazer o bootstrap e recompilar oque quiser.
E dificil dizer oque deu errado no seu caso, oque voce fez nao e correto, a checagem de dependencia é automatica e em situacoes normais ela funciona sem problemas.
Mas se voce quiser agente pode analizar isso...