Vc faz: $cd .mozilla-thunderbird dentro do seu home
quando acessar este diretório deverá encontrar um diretório 879xf-default (alguns números e letras); cd esse_diretorio/
Após acessá-lo deverá encontrar o diretório Email, acesse- e verá suas contas e mensagens no formato maildir.
Para recuperar as mensagens basta copiar os arquivos inbox, sent para o novo maildir que o thunderbird criou.