Muito capiciosa a sua pergunta.
Se você instalou somente pacotes presentes no repositório de sua distribuição, pode ficar calmo pois todos eles são auditados de forma a garantir que não haja esse tipo de comportamento anômalo. Claro que estou falando de distribuições sérias tais como o SuSE, Debian e Red-Hat.
Agora, se você possuir softwares de fonte duvidosa, tanto no Linux como em qualquer outro SO você precisa de um conhecimento mais apurado sobre os processo que rodam em sua máquina para ter certeza que está seguro.
Como aconteceu com você, alguns SO possuem mecanismos de proteção falhos que permitam que softwares de indole duvidos afetem o sistema. Nas distribuições Linux, os mecanismos de previlégios de usuários garantem que softwares não sejam instalados sem a devida permissão por parte do administrador do sistema, o famoso root. Aliado com ferramentas de verificação do sistema, você terá uma boa camada de segurança para seu uso diário. Felizmente o Linux não sofre tanto com problemas relacionados a malwares.