Se a maquina que você quer monitorar estiver no mesmo servidor onde você vai hospedar os arquivos php, voce pode criar um shellscript, dar permissões de execução para o user do apache e executar ele pelo php pegar o resultado e gerar o relatório, também da para fazer o php se conectar com o servidor através de soquetes, mais aí teria que ter uma aplicação no lado do servidor para se onde receberia os dados enviados pelo php, interpretaria e retornava as informações solicitadas.
Em java acredito que também daria certo das duas maneiras. Lógico que existem várias alternativas para se fazer isso mas acredito que as mais simples e eficiêntes sejam essas.