Acho que essa útima linha http_access allow all não está causando o problema porque ela é precedida por uma http_access deny all. Então antes dele permitir ela já havia negado. Se não me engano, a linha allow all nem será executada pois a deny all diz respeito a todo o tráfego.
Uma vez me disseram que se o squid está autenticando usuários ele não funciona como transparent proxy. Acho que a melhor opção pra você é manter a configuração de proxy no browser e bloquear os tráfegos que utilizam a porta 80 no iptables. Dessa forma quem retirar o proxy do browser não navegará.
Até mais...