Cara seguinte, mexi muito pouco na minha vida com FreeBSD porem, em algum lugar ou até no mesmo deve existir o/etc/init.d onde ficam os "executaveis" do programas.... entre nesse diretório e edite o arquivo que inicia o mysql, lá dentro deve estar escrito onde esta o arquivo utilizado como conf (my.cnf .... ou equivalente)...
Att