Segundo documentação do PHP so precisa compilar como parametro --with-informix=$INFORMIXDIR.
Aprofundando mais no assunto percebi que na versão 5 não da suportw ao parametro informix no configure, então desci o para o php4.4.8 que possui o parametro se que agora da um erro no make
Código:
/usr/bin/ld: skipping incompatible /opt/informix/lib/esql/libifsql.so when searching for -lifsql
/usr/bin/ld: skipping incompatible /opt/informix/lib/esql/libifsql.a when searching for -lifsql
/usr/bin/ld: cannot find -lifsql
Alguma luz?