Tente identificar onde estar o gargalo se é no ptp, ou no pppoe, coloque o mk com servidor de ftp e baixe arquivos dos pontos remotos, isolando o problema fica melhor de resolver.
Vc so falou a quantidade que tem de mk e não citou a estrutura.
Cada mk vc utiliza como concentrador pppoe?
Como e feito o ptp, wds, roteamento.. tunel pppoe....
Se pode pagar, procure um consultor.