Virus se propagando na rede

Senhores:
Infelizmente alguns " experts" pra não dizer fdp, ja descobriram um meio de contaminar os discos removíveis, como pen drives, cartões sd de celulares, etc....como eles fazem isso, ja que esses discos não possuem um sistema operacional? Simplesmente eles contaminaram o arquivo autorun.inf, e todo sistema windows tem aquela mania besta de abrir os dispositivos automaticamente, os virus são carregados no sistemas e discos locais.Tenho observado que alguns desses vírus são inofensivos à rede, mas ultimamente eles tem passado por mutações ( claro que em razão de ação de crackers, ne?!) e tem como objetivo se propagar nos discos das redes locais. Encurtando a história, eles flodam toda a rede, e produzem taxas de uploads altíssimas,um cliente apenas toma toda minha banda de upload, e o pior ainda, o firewall do linux não está conseguindo bloqueá-lo. Minha dúvida, como posso controlar essa pragas sem precisar ir na casa de cada cliente infectado e realizar os procedomentos listados nesse link abaixo?? Voces tem tido esses problemas tambem?? As faculdades estão empestiadas desses virus, e muitas redes corporativas também.
Pendrive com vírus - Saiba como se proteger