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seria mais facil fazer assim Linux-----windows-------estações pois como a empresa ainda quer a "facilidade" se reclamarem seria so tirar o linux da rede, e deixar como antes, procure não mudar muito, pois se ter qualquer eventualidade vc não terá muita dor de cabeça
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eu sou mais radical como eles estao usando o AD que tal vc colocar um servidor com firewall e o squid autenticando na base do AD ???
aproveitando q o squid vai estar autenticando vc pode montar um relatorio com o sarg e assim vc começa a ter controle do uso de internet e ainda gera um relatorio gerencial para os seus chefes e começa a demonstrar as vantagens do linux ^^