a) o pc não precisa desligar, o cooler pode apenas estar LENTO, não parado..
b) um cooler visualmente funcionante não indica que não esteja fora de rotação; se for um famigerado "sleeve.." é normal.
c) experimente resfriar a máquina - e o hd, também, pq não?
btw.. se o treco já estava instalado, nada garante que estivesse '100%