Tem varias formas, uma delas é ir no [New Terminal] do Winbox e digitar
Que você vai exportar toda configuração na propria tela.Código :
/export
Outra forma seria exportar para o FTP do seu Mikrotik usando um script assim
Depois basta ir em [System]>[Script] no seu Mikrotik e Clicar em [Run Script] estando o Script "backup_diario" selecionado.Código :
/ system script add name="backup_diario" source="/sy ba sav name=mk_bkp.backup" \ policy=ftp,reboot,read,write,policy,test,winbox,password