Proteger portas

Galera, é o seguinte:
tenho um website montado em um servidor CentOS, e um amigo meu (hacker) criou um programa pra realizar ataques em servidores, e fez um teste no meu...
Resultado: o serviço para qdo eh feito um ataque em determinada porta, por exemplo:

Ele faz um ataque na porta 3306, e o MySQL para de responder
Na porta 2082, o cPanel para de responder

e por aí vai...

Ele diz q o programa realiza um congestionamento na porta. Como faço pra bloquear estes tipos d ataque? Uma regra de firewall? Alguém pode me ajudar?
Obrigado desde já.

Qual a sua politica atual de firewall no servidor?

Está tudo como foi configurado pela empresa de hospedagem
É um dedicado com WHM, não mexi em nada no firewall

Nessa situacao voce deve bloquear acesso de fora pra dentro na sua interface externa. Ele pode estar causando SYN FLOOD ou fazendo um OOB Attack (out of band). O OOB provavelmente voce nao deve estar sofrendo se voce tem um hosting estrangeiro (ja que hosting estrangeiro tem banda de sobra).
Entao, configure um firewall.
Saudações,

Neste caso é bem simples, instale o PSAD (Port Scan Attack Detector), que não deixa que o Nmap faça a análise das portas abertas do seu server, depois que o atacante "estiver no escuro" devido a que, ele não sabe as portas e serviços que estão rodando, altere as portas dos serviços. Como por exemplo, altere a porta padrão do SSH que é 22 para 1640 por exemplo.

O problema está aí. Nao se pode trocar as portas dos serviços. Mudar a porta http (80) para outra porta causa problemas, mudar porta https, pop, smtp, simplesmente as coisas irao parar de funcionar.

Seria mais conveniente trocar as portas dos servicos que somente o administrador utiliza.
Aí sim poderia minimizar ataque em cima de SSH mas nao resolveria problema de estouro de buffer ou dos em servico padrao.