Velho, já descobri o problema, é referente ao driver i2o, o Debian monta as partições em /dev/i2o/hdax, para o Debian conseguir gravar o grub, ele tem que ter mapeado em /dev/sdax, tentei criar links via ln, depois que crio os links, ele reconhece mas não grava mesmo assim.
Então agora só encontrar a solução, estamos no caminho certo.
Lembrando que o Ubuntu não apresenta esse problema, lembrando que no server tinha um Debian Sarge instalado com kernel 2.6.7 e ele não apresentava esse problema, coisa interessante. Vamos continuar pesquisando amanhã.
Abraço