Bem essa parte de desligar o POE e sua internet cair não conseguir entender bem. Bom você está falando do POE do seu CPE certo?
Te faço uma pergunta, o Mikrotik está fazendo todo o controle da sua rede, ok bls, ótimo. Mais você se conecta a internet usando o CPE? OU usando outra rede? Ou o sinal do seu link vem pelo CPE?
Não vejo nenhum motivo dentro do meu pequeno conhecimento onde um POE de um CPE possa afetar uma rede, ainda mais estando desligado. Desde que por esse CPE não passe o link da rede né.
Se eu entendi errado me desculpa. Mais explica melhor, ai.
Abraços e acho que trocando seu firmware resolva.