A intenção é mesmo bloquear todo o acesso a internet e só liberar as paginas permitidas, e este caso do https que você mencionou é mesmo chato, pois na matriz tenho que bloquear o youtube e facebook por iptables, pois não é possível bloquear-los no squid transparente.
Em qual parte do mikrotik posso fazer este bloqueio? pois pelo web proxy só encontrei opção de cache.