Remover pacotes duplicados centos 7

Bom dia, ocorre que o servidor que temos está com problemas de pacotes duplicados no Yum Update.
Como resolver isso de forma sem precisar causar uma parada, ou que cause algum problema no servidor, já é um servidor de internet, proxy e e-mail...
Até encontrei alguma coisa, mas são bem postagens bem antigas de (2010 e 2011) dai fico em dúvida se ainda vale para a atual versão do CentOS 7.5.1804 e não há informações se pode causar algum problema, como remover algum pacote e ou configuração em uso, e causar parada no sistema.

Segue a situação em arquivo .txt no Google Drive: https://drive.google.com/file/d/18Yq...-hpsb-v7qN2UM/

Desde já obrigado.