Projeto de Rede. Por favor Ajudem

Ola pessoal, eu tenho um projeto de rede pra aprensentar no ano que vem na faculdade, será meu projeto de final de curso que será feito em várias partes, a primeira parte é a montagem da rede, depois tem o software, backups e etc....

A primeira parte é a rede, e gostaria que voces como administradores de sistema com experiencia poderia me dar uma ajuda.

A rede é assim.

Tenho 5 máquinas em uma empresa. os SOs sao

Servidor: Linux
Sistema1 : Windows 2000 Professional
Sistema2 : Windows XP Professional
Terminal3 : Windows 98SE
Terminal4 : Windows 98SE

O Linux é o servidor onde irá ficar armazenado todas as informaçoes, desde banco de dados e arquivos .doc, .xls e etc.

O Projeto é.. Atraves do SAMBA, dependendo do username, os terminais windows irão enchergar um diretorio compartilhado diferente no Linux.

Terá 3 senhas:
login Sistema: Será compartilhado o diretorio onde contem o BD do sistema, apenas o Sistema1 e Sistema2 terá acesso.

login Documentos: Será compartilhado outro diretorio onde terá arquivos do word, excel e etc, mas nao terá acesso na pasta do sistema

login Admin: terá acesso as duas pastas.

Fazer isso atraves do Samba eu acho que até consigo fazer, o problema é..

Para o Terminal4 acessar o Sistema1, eu terei que criar uma conta no Windows 2000 (Sistema1) com o mesmo login e senha do samba?
Pois se o terminal4 quiser entrar no Sistema1, ele tem que entrar com a senha e login de administrador ou de outro usuario.

é mais ou menos isso.
Gostaria que dessem opiniao de como fazer isso.

Valeu gente