MBR

Cara, num entendi muito o q vc disse naum, mas..
existe um programa chamado "Boot NG" ou tb "Bootit NG", ele eh bem funcional e eh instalado na MBR, com ele vc pode fazer um "sistema" DUAL boot, bem organizado, criar sistemas de arquivo NTFS, EXT3, FAT, JFS, VFS, além de muitas outras, além de redimencionar HD's, como o partition magik. Mas ... se um dia vc naum quiser mais usá-lo e tentar botar o LILO como gerenciador de MBR e tiver esquecido de desinstalar o "Boot NG", com certeza vai dar pau no LILO.
Porém se vc usa LILO a melhor maneira eh de fato USÁ-LO. Ele eh muito fincional, e pelo o q eu entendi vc quer q o windows seja o gerenciador, mas como já disseram, ele rouba a MBR toda pra ele naum se importando com qualquer outra coisa q esteja lah, eh isso q o comando "fdisk /mbr" faz, simplesmente sobrescrever tudo o q tiver lah.
Tem o GRUB tb, mas ainda prefiro o LILO.

Bem cara, Valew.