lentidão no select via php

moçadinha, sou 1 programador curioso, não sou profissional
estou fazendo 1 SQL numa tabela (10mil registros) do mysql via phpmyadmin e via mysql front e nestes 2 ambietes o SQL resolve em menos de 1seg.

já no PHP, ele chega até a expirar.
aumentei uma clausula que tava em 30 pra 300 e resolveu, em partes
eh normal está demora via php ?

detalhe, a maquina eh um piv ht, com 1gb de ram e hd scsi
com o comando top, eu monitoro os processos e o apache qdo tá rodando o SQL fica kse em 100% durante moh tempão.