Problema com indice no mysql, reindexar

Alguem sabe como reindex tabelas no mysql3.22. Esta acontecendo que quando o micro desliga por pick de energia... as tabelas voltam corrompidas uso repair table(myisamchk) para repar a tabela. Mas o indice primario da tabela fica com um numero enorme e nao volta a contagem normal Ex:

Cod_func
0001
0002
....
00231
00232
1588854114

Depois do pick e de repair table o indice fica assim e nao volta ao normal que seria a sequencia DE: 00233
Tem alguma funcao para tipo reindex, recriar os indices para voltar ao normal? Nas tabelas tenho somente 1 indice primario no campo codigo.
De uma foca ai pessoal. Da ultima vez tive que voltar backup do dia anterior, pois na tinha como trabalhar com um numero de indice tao grande.

A aplicacao esta rodando em rwindows.

Valeu!