Problemas com DD

O que foi que eu fiz ,precisava clonar o hd do servidor ai eu simplesmente deu um dd if=/dev/hda of=dev/hdb clonou perfeito entrou no linux tudo normal,ai eu fui zerei o hd velho depois começou a acontecer umas coisas estranhas , os usuarios não conseguiam entrar nas pastas ai fui olhar as permissões de todos os arquivos passaram a pertencer ao root grupo root ai fiquei doido , fui mudando as permissões na mão depois de uma semanda tudo voltou ao normal ai aconteceu o pior eu tenho um site em php que não faz mas upload dos arquivos. que eram feitos antes eu ja dei chmod de todo jeito nas pastas que eu acho que o apache usa como temporaria com por exemplo a /tmp a /var/tmp por favor se souberem como corrigir isso me avisem ou se souberem me dizer onde eu errei .

Ps: ja reinstalei o apache e o php do zero e nada