Nesse caso, vc precisa criar uma lista de endereços com os IP´s ou redes de IP´s que não entram no balanceamento, que são os sites de bancos, etc... Daeh vc faz o Load Balance em apenas 2 Links... no 3º Link (que seria o gateway default do Mikrotik) será o link onde sairão todas as requisições para aquelas redes/IP´s especificados para não serem balanceados...
Nesse caso, não funciona o web-proxy e o balanceamento na mesma máquina... Ou você coloca outra máquina entre o Mikrotik do balanceamento e os clientes para fazer somente proxy, ou faça um "balanceamento" por rota de destino... Neste último vc define o link que será utilizado para cada destino (e não cliente), e funciona com o webproxy.