Pode estar acontecendo o seguinte: os principais ambientes gráficos possuem suas próprias configurações sobre o comportamento das teclas e modelos e línguas de teclado que às vezes sobrepõem as configurações do X. Até onde eu sei, as configurações de teclado que o VMWare pegam são as do X. Verifique se ele está configurado corretamente ou se o seu teclado só funciona direito porque o seu KDE ou GNOME estão configurados com o layout correto de teclado.
Abraços!