Não consigo compilar

Pessoal, sou meio novato em programação em linux.... eu estava fazendo um projeto em c++ em casa no meu Debian Sarge com o compilador Anjunta. Copiei a pasta do projeto pra pendrive para poder rodá-lo no meu trabalho onde tenho o mesmo debian, porém SEM interface gráfica, rodando em uma VM. Ao copiar o conteudo para uma pasta tentei executar o configure, make e o makeinstall mas nenhum executa...
Sempre que emito ./configure dá a mensagem "Permissão negada". Pior que isso, quando digito ./ e aperto tab ele não lista nenhum arquivo...
acho que tá faltando alguma biblioteca ou programa pq fiz uma instalação bem resumida do debian... tentei instalar o gcc e o make pelo "apt-get install gcc" e "apt-get install make"... do que mais eu preciso???
Quero evitar intalar uma interface gráfica...pois isto faz parte do meu projeto...

Desde já agradeco....

voce está usando em seu projeto o auto-tools?
verifique a permissão de execucao do seu script configure

Cara como verifico se estou utilizando o auto-tools??
quanto às permissões do configure... o root está setado como dono e as flags estão como -rw-r--r--
Depois de instalar o make, conseui rodar o make...mas estou com uma dúvida, o meu projeto tem uma pasta principal e uma subpasta com o nome src...quando dou o make na pasta principal ele me retorna um erro...
cd . && autoheader
/bin/sh: line 1: autoheader: command not found
make: ** [stamp-h.in] Erro 127

e quando dou o make na pasta src não mostra nenhuma mensagem de erro... mas uma parte do programa não funciona... que é a parte de autenticação...estou utilizando o modulo PAM pra fazer autenticação...e não importa quais usuários e senhas eu use ele sempre retorna erro de autenticação...
Será que isso é porque eu não executei o configure??