O sistema não altera nenhuma outra configuração que não seja na parte de hotspot.
Pelo que tenho visto várias pessoas instalaram o sistema sem problemas, mas para resolver alguns casos mais específicos , seria necessário olhar por exemplo via VNC , o que está acontencedo.
Mas um teste simples , seria :
1 ) Colocar um putty na maquina windows e fazer um SSH para o gateway Mikrotik.
2 ) Conferir se as lib´s de SSH estão instaladas corretamente seguindo as intruções do arquivo de instalação.