Olá amigo, eu instalei o Mikrotik no Microsoft Virtual PC tranquilo, muito bom e fácil para configurar e utilizar, como o nome mesmo já diz, o Microsoft Virtual PC ele cria uma máquina virtual para instalar outro sistema operacional, emulando BIOS, HD e tudo mais como uma máquina real.

Ao instalar o software, vc executa o console, vai em New... e cria uma nova máquina virtual com os parâmetros de sua escolha, como tamanho de memória RAM, HD.
Criada a máquina virtual, vc coloca o CD de boot com o Mikrotik gravado no drive de cd e executa a máquina virtual criada em Start.
Ao abrir a janela da máquina virtual e começar a executar o carregamento, vai no menu CD e marca Use Physical drive E: (caso o seu drive de cd seja "E").
Pronto... a máquina virtual dá o boot pelo cd do Mikrotik e vc instala normalmente como se estivesse em uma máquina real.

Espero ter ajudado.

Abraços
Hayttle