Jhonne, nem sei se funciona pois ainda estou estudando essa possibilidade, mas acredito que nesse seu server de squid você pode negar os downloads,

.rar .zip .exe .pdf .swf .rm .rmvb .avi .bittorrent .mpg .mp3

(aí no caso so vai dar cache de arquivos como gifs , jpegs e etc..)

mas ai você vai falar (mas eu quero fazer cache desses arquivos)
aí você pode montar outro servidor (squid) em outra maquina trabalhando como parent dessa sua principal e nela limitar a velocidade em que ela usa pra baixar esses arquivos.. por exemplo , se você tem 6mbps, deixar 1,5mb nessa maquina que somente é utilizado com o cliente requisita essas extensoes..
claro que no outro server você vai deixar bloqueado gif jpeg e etc.. e so liberar as extensoes que você bloqueou no squid principal

assim não iria interferir na velocidade do cliente navegar e sim na velocidade dele baixar um arquivo .exe (isso se os 1,5 estiver estourado e o arquivo não estiver em cache)

assim eu "acredito" que resolva, mas pesquise direitinho.. foi só uma opnião, sem testes , apenas uma ideia.