eh bem simples.. basta adicionar uma rota pra cada rede indicando o gateway...

route add -net 192.168.0.0 netmask 255.255.255.0 gw 192.168.0.1
route add -net 192.168.1.0 netmask 255.255.255.0 gw 192.168.1.1

so alterar ai no mikrotik e colocar pra rodar..uma acessa a outra transparentemente.. sem gambiarras