Você já verificou os logs dessa máquina? Logs do sistema, das aplicações..
Tem espaço suficiente na partição de swap?
Como funciona sua aplicação, ela não pode estar ocasionando isto devido a consumo excessivo de I/O de disco ou algo do gênero?
Existem inúmeras explicações para este problema.

Que máquina você utiliza? É um HP, Dell? Já verificou a integridade dos Arrays de disco, dos módulos de memória..
Digo isto, porque não sendo nada no sistema operacional nem na sua aplicação pode ser problema na própria máquina.

Bem, vamos começar do inicio. O que você já verificou para tentar resolver este problema?
Algo do que eu citei já foi visto? Verificou alguma outra coisa?