Citação Postado originalmente por Fmotta Ver Post
Cara aqui na minha máquina virtual com debian etch tá com a seguinte configuração:

squid.conf

http_port 3128 transparent
...

E depois é só roda o comando:

iptables -t nat -A PREROUTING -i eth1 -p tcp --dport 80 -j REDIRECT --to-port 3128

Que eu coloquei no arquivo /etc/init.d/bootmisc.sh para rodar logo na inicialização do Sistema
Já conseguir colocar meu firewall transparente era o dns.

resolvido.