Citação Postado originalmente por mascaraapj Ver Post
Tem que rever isso,
ja tive um problema com numeracao de boleto a algum tempo atras.
cada vez que geramos um boleto, esse segue uma sequencia Nosso Numero.
indentificamos o pagamento de determinado cliente atraves desse Nosso Numero, pois nao pode existir outro boleto com o mesmo Nosso Numero.

vamos supor que vc gerou um boleto para o Joao, o boleto foi gerado com o nosso numero 700... em seguida vc enviou o boleto para o cliente
mas por algum motivo, talves erro no boleto, valores erradas, etc... vc precisou excluir esse e gerar outro, o sistema vai seguir a sequencia e gerar o boleto com o Nosso Numero 701.
mas, o Cliente efetuou o pagamento com o boleto antigo (Nosso Numero 700)...
ao baixar o arquivo de remessa e subir ele no sistema... o mesmo nao vai indentificar esse pagamento, pois ja nao existe mais o Nosso Numero 700...

Nao seria isso que aconteceu contigo?
verifique o Nosso Numero e veja se o encontra no sistema.
caso nao encontre, para ter uma ideia de quem efetuou o pagamento, veja a sequencia de 1 numero antes e 1 numero depois.. com isso sabera quem é o cliente, pois o sistema segue a ordem de clientes
Boa dica...
Vou verificar isso e volto aqui pra postar oque descobri!
Vlw!