Se o roteador lá suprota VLAN, ou se você tem algum switch que suporte VLAN, basta você adicionar uma VLAN no Mikrotik com a ID que você quiser, tendo a interface bridge como a interface sobre a qual a VLAN vai rodar.
Depois disso, configura o hotspot para rodar sobre essa interface VLAN.

Deixar o roteador em modo cliente/ap você quer dizer que ele vai ser um repetidor? Não tem cabo ligado direto nele no caso? Se esse for o caso, tem que configurar ele como repetidor em modo bridge se é que ele tem essa configuração. Alguns roteadores, quando configurados para modo cliente e AP ao mesmo tempo, tem como você configurar se quer que trabalhem em bridge, ou fazendo roteamento entre as duas redes. Para dar certo o seu caso, tem que ser bridge.