Sobre ligar equipamento nas baterias ou no controlador:

O motivo pra ligar no controlador é que ele impede a descarga total das baterias.

Só isso.

Uma descarregada completa (Abaixo de 9V) conta como uns 20 ciclos de descarga normal até 10,8V (Tensão onde o controlador solar desligaria o equipamento).

Uma bateria estacionária comum (Delphi/Bosh) se for descarregada totalmente (Até uns 7 ou 8V) umas 50 vezes já vai pro lixo, perde quase toda a capacidade. Enquanto se descarregar só até 10,8V, em 50 descargas dessa ele perde no máximo 20% da capacidade.

Se o rádio 48V for dos que desligam quando a tensão de alimentação fica abaixo de uns 42V (E vários fazem isso), pode ligar direto nas baterias sem problema.

(Mas se for uma RB600 da vida, ela só desliga hora que a tensão das 4 baterias somadas fica abaixo de 10V. Isso mata completamente as baterias, ia reduzir a 2,5V por bateria praticamente! Fora que tem controlador solar que quando a tensão é tão baixo nem detecta que tem bateria plugada, aí você precisa ir e dar um carguinha externa pro controlador pelo menos começar a reconhecer que tem bateria plugada)