iptables -A INPUT -p tcp --destination-port 3306 -j ACCEPT
a opção "-A" apenda ao final da tabela, dependendo do que tiver antes, nem vai chegar nela....
outra coisa, ordem de fluxo de pacotes: um pacote, com destino a sua máquina, -> PREROUTING -> INPUT, com destino a máquinas de sua rede (supondo a sua um firewall), -> PREROUTING -> FORWARD -> POSTROUTING -> maquina, pacotes que saiam da sua máquina, OUTPUT -> POSTROUTING ->

isto tudo considerando que usa kernel >= 2.4 (iptables) e que não tenha criado tabelas extras... ou usado outras já existentes (mangle por exemplo)