Dependendo da distro pode ou nao ter um service para o firewall, mas normalmente todas incluem o iptables-save iptables-load

Pra salvar:
# iptables-save > /root/firewall.rules (voce pode colocar o nome que quiser)

Pra carregar:
# iptables-load < /root/firewall.rules


De qualquer maneira, o kernel nao salva as regras, voce precisa armazenar em algum lugar e carregar toda vez que reiniciar a maquina.