Ja tive este problema. Existem duas razoes para isto:
1) local do iptables errado
2) problemas com tcpmss

O primeiro problema se resolve achando onde se encontra o iptables, com o comando which fica muito facil, basta digitar: which iptables, se estiver instalado, aparece o local onde o iptables se encontra, caso nao esteja instalado nao aparece nada.

O segundo problema se resolve da seguinte maneira, dentro de /etc/ppp/ip-up.d, tem o seguinte script 0clampmss
basta adicionar o comando ali existente dentro do seu script para resolver o problema, que no caso eh o ajuste do tcpmss.

Tem uma solucao alternativa, que eh fazer o seguinte, se vc tem duas placas de rede, eth0 e eth1, e a internet eh compartilhada na eth1, vc seta a mtu da eth0 para 1452. Isto vai fazer com que o tamanho dos pacotes nao estourem na saida da eth1, jah que eles foram corrigidos na eth0. O comando para setar o mtu eh: ifconfig eth0 mtu 1452

Em resumo basicamente este problema eh um problema de MTU nao de versao do iptables.