Valeu pelas respostas aí.
Então... no site da Microsoft eu pude ver que o Windows Server 2003 trabalha coms os seguintes protocolos para autenticação:

Kerberos V5 -> método padrão de autenticação de redes para serviços.
SSL/TLS -> protocolo para acesso a servidores web seguros.
NTLM -> usado quando o cliente ou o servidor usam windows anteriores.
Digest
Passport

Quanto a compartilhamento de arquivos eu ainda não sei qual é o protocolo/tecnologia nem nada. E quanto ao linux? Para autenticação é LDAP, SAMBA e Kerberos. E para compartilhamento de arquivos é NFS. Correto? Tem mais alguma coisa a mencionar? Vou dar uma olhada em cada uma dessas tecnologias e fazer um comparativo.

Obrigado pelo apoio aí pessoal.
Rasert.