Você ja verificou se esse seu problema acontece sempre em determinado horario?
Pode ser um problema no seu enlace de internet ou no servidor que você faz o dowload!
O que eu tentaria seria fazer um script que analiza o erro $? e apartir dai tome uma ação!
Código :
#!/bin/bash downloadOK=1 while [ $downloadOK -ne 0 ]; do echo "[`date`] Download" wget --connect-timeout=5 -c ftp://<endereço> if [ $? -eq 0 ]; then downloadOK=0 fi done
Algo nesse genero! ;)