Sim, funciona tanto em pppoe quanto em hotspot. Consegue do seu mikrotik pingar o ip do linux por padrão 192.168.10.250 ? se sim crie uma regra em ip firewall nat
dst-nat
src-address !192.168.10.250
dst-port 80
action
dst-nat 192.168.10.250
to-ports 3128
antes do mascaramento e depois das demais regras
isso deve desviar o trafego da porta 80 para o servidor squid do conlinux.
Qualquer dificuldade volte a nos procurar.
Sucesso amigo.
M4D3