Vamos lá
Disco: quanto menor o i/o de disco e melhor o acesso a multiplos caminhos melhor a performance.
Logo: sas,scsi,sata,ide (hoje vc pode comprar discos ultra wide 320 usados com controladora fortissima por uma pechincha e com isso vc pode esquecer disco).
Diskd eu uso e sou feliz tem gente que não gosta agiliza o formato de pesquisa no disco portanto faça a festa.
Não se esqueça tambem que um bom particionamento é fundamental (Reiserfs com noatime).
Disco de 73 Gb scsi ultra 320 R$ 350,00 ML (mas tem mais baratos)
Controladora Ultra320 R$ 299,00 ML
Com 3 discos vc já monta 1 raid 5
Processador: vários processadores ou vários nucleos não melhoram a velocidade do squid em si uma vez que a performance dele esta mais ligada a io que ao processamento, mas auxiliam o sistema operacional a tratar grandes quantidades de dados portanto qualquer core2duo ja faz a alegria.
Memória: a regra é quanto mais melhor se sua placa mãe cabe 4Gb coloca os 4 se cabe 8Gb coloca os 8 hoje 1 pente de memória DDR3 1066Mhz 2Gb sai por 160 reais então esse não é um impeditivo.
Placa de rede:Use placas de rede gigabit mesmo que sua conexão for 100Mbit placas gigabit tem algoritimos mais trabalhados e sistema de buffer mais potentes existem até placas com "off load" que removem o trabalho do linux fazer checksum tcp/ip e fazem nelas mesmas.
Sistema operacional: esse é uma briga, eu gosto de Debian (atualmente), mas em freebsd fica rapido, open tambem netbsd fica rapido, slackware. Esquece Ubuntu, Knoppix e etc tente usar distros mais "puras".
Logs: Faça log do que for necessário se o intuito é fazer cache de seus usuarios e não saber se aquela gostosa ta vendo site de sacanagem nao faça cache de acesso porque ele sim consome o seu disco a toa.
Bem voce pode montar sua maquina sim, a escolha do hardware é o mais importante um bom hardware vai garantir as suas noites de sono e a felicidade dos seus usuário.