Não há perda de configurações após atualização do RouterOS. Porém, por ver das dúvidas, faça um backup completo do sistema, em caso de algum problema você apenas restaura e pronto. Você pode fazer isso remotamente por telnet, caso ache mais fácil.
Como o pessoal falou existem duas possibilidades, a primeira é um possível bug na versão utilizada, a segunda realmente pode ser o nível de processamento muito alto. Dependendo da quantidade de usuários que você tem no hotspot isso pode ser o problema, visto que você também utiliza o controle de banda. Minha dica é que você faça a atualização do RouterOS, caso o problema persista, substitua a Routerboard por um PC e veja como fica a utilização do processador. Se o problema resolver com a utilização do PC você já sabe o que é o problema.