Normalmente os arquivos ".ko" sao so modulos do kernel...
Isso tudo que voce esta com duvida eh muito relativo... O iptables pode ou nao ter sido compilado no kernel... Se ele foi, voce nao vai achar os modulos mesmo...
Talvez voce tenha que compilar o kernel para ter certeza do que esta rodando... Provavelmente voce tera que fazer o mesmo que foi feito no tutorial, mas adaptando para o Fedora...
O que eu acho estranho eh que normalmente estes kernels de Fedora, Debian, etc ja vem todos preparados para nao precisarem ser alterados...
A proposito, voce consegue rodar:
"iptables -L -vn"
"iptables -L -vnt nat"
"iptables -L -vnt mangle"
"iptables -m tcp --help"
etc... ?
Se estes comandos estiverem funcionando pra voce... Eh bem provavel que seu problema nao seja o iptables e sim algum problema com o modprobe.conf