Troque o EoIP por VPLS/MPLS.
O EoIP consome muito processamento porque necessitada fazer o roteamento normal (em CPU) e ainda montar os pacotes quebrados (GRE) por causa da sobrecarga de cabeçalho IP, o que é agravado por você estar tunelando quadros Ethernet inteiros (PPPoE) numa conexão TCP. Com UDP seria um pouco melhor mas nem tanto quanto no OpenVPN sobre UDP.
O MPLS dispensa todo o processamento necessário para o roteamento e lida melhor com pacotes de MTU alto. Assim você pode preservar a segmentação dos clientes. Outra opção é usar VLAN via hardware mas não tem tanto controle quanto o VPLS. Nada impede que uma solução VLAN/VPLS/MPLS seja implementada.