samba com w2k/w98

Tenho um servidor win2000 (active diretory+DNS+DHCP+WINS) e estou instalando um servidor de arquivos linux utilizando o samba, gostaria de saber como fazer para os meus 400 usuários serem autenticados no w2k e com permissão para o linux nas suas respectivas pastas.
ex.:
usuario: 1-joao, 2-josé
pastas:
\sistemas\fafi
\sistemas\ice

o joao tem que ter acesso somente a pasta fafi e o jose acesso somente a pasta ice.
como fazer? vou ter que cadastrar todos os meus 400 usuários no linux denovo?