HD ta estranho!!

Ola!
Eu tenho tres particoes aqui em casa sendo uma fat32 uma linux native e uma swap.
O problema e que quando eu formato a particao do windows para reinstala-lo da problema na particao do linux!!! e quando eu formato a do linux para reinstala-lo da problema na do windows!! o problema na do windows eh que somem varios arquivos do sitema e do linux e que o kernel nao reconhece qual o tipo de particao ou algo assim.
Alguem sabe por que esta dando isso? Ja testei o hd com o programa da sansung e ele nao encontrou erros.

Que programa voce ta usando pra formatar a partição Windows

Use o comando format c: /q

Estou usando o proprio disco de boot do rwindows 98. para que usar o /q ?

Aqui no under tem material sobre este assunto, uma dica bem simples e rápida zera a partição windows e linux também... instala primeiro o windows depois o linux e quando pedir para gravar o arquivo de inicialização do linux pede para que grava na MBR, a forma mais simples é está.

Veja só companheiro (nao sou do partido não) o comando Format c: /q é pra fazer a formatação rápida...

Assim depois da formatação os dados dela não são gravados na Fat do Windows.