Com o diff voce consegue fazer, mas vai ser bem complicado.
Se o arquivo 1 tiver conteudo que o 2 nao tem, ele gera um resultado.
Se o arquivo 2 tiver conteudo que o 1 nao tem, ele gera outro resultado.
Tem sinais de + e -, linhas que voce nao precisa, etc.
Se quiser tentar, depois posta o resultado ai.