problemas com sistema de arquivos

Pessoal outro dia tive uns problemas aqui enquanto usava o windows e tiver que reseta-lo (novidade neh), bom depois disso, toda vez que o windows esta carregando ele começa passa scandisk nos dois HDs, depois de um tempo o scandisk trava do nada =(
Mas se cancelar o scandisk da para usar o windows normal.
Gostaria de saber se há uma possibilidade de fazer uma checagem da partição do windows pelo linux assim corrige os possiveis erros e para de ficar fazendo a checagem do sistema no boot.

OBS: uso o WinME (o scandisk é do windows msm q ele usa) não como no win98 que é no DOS.

Obrigado ae pela atenção pessoal

Melhor não. Passe o scndisk com um CD ou bootdisk do rwindows. É possivel que o proprio scandisk ou uma biblioteca que ele usa esteja corrompida...

Sds,