Manipulando filesystem com o PHP

Pessoal,

Estou desenvolvendo um aplicativo que vai interagir com o qmail+vpopmail. Só que preciso gravar dentro dos diretórios do vpopmail e eles estão com permissão total apenas para o dono dos arquivos e diretóros.
Não quero mudar o dono para apache, para não comprometer a segurança.
Estou pensando em fazer um shell script que fique rodando em bg como root e mova para mim os arquivos quando eu colocá-los em uma pasta em que o php possa gravar. Não acho isso prático.

pensei em usar cgi-bin, mas não tenho a minima ideia de como funciona ou se faz um, se algém puder me dar dicas, ficarei agradecido

é possível colocar meu shell script como cgi-bin ??

Grato.

pq vc nao da uma estudada em perl? com ele vc tem mais interacao no sistema do que com o php e pode executar tanto em shell como na web (dependendo do que vc for fazer)